Los documentos desclasificados hace algunos años por el Gobierno de Estados Unidos demuestran que la derrota sufrida en Playa Girón no los llamó a la cordura, sino a la revancha. La Comisión Taylor, designada para analizar el fracaso invasor, recomendó emprender nuevas medidas político-militares, económicas y propagandísticas contra el presidente Castro. Ello sirvió de base para la Operación Mangosta, que desencadenaría miles de actos subversivos como preámbulo a las acciones militares directas.
El 7 de marzo de 1962, la Junta de Jefes de Estado Mayor propuso fabricar una provocación que justificara una acción militar norteamericana y, solo dos días después, la oficina del Secretario de Defensa sometía a su consideración un conjunto de pretextos que podían justificar la intervención militar directa en Cuba. La preocupación real ante el peligro que corría la Revolución Cubana y el interés estratégico que ello significaba para la Unión Soviética condujo a la firma, por ambos países, del acuerdo de colaboración militar que dio origen a la Operación Anadir, consistente en el despliegue en territorio cubano de una agrupación estratégica soviética de cerca de 50 000 hombres con decenas de cohetes balísticos nucleares R-12 y R-14, un regimiento de aviación y otras unidades. El grupo operativo de la agrupación arribó a La Habana el 12 de julio y las tropas comenzaron a llegar en agosto. A pesar de que el Comandante en Jefe Fidel Castro era partidario de hacer público el acuerdo como un acto soberano entre dos Estados, la parte soviética insistió en mantener la operación en secreto, algo imposible de lograr debido a la envergadura de los medios y de sus emplazamientos.
Fotos tomadas por un avión U-2, el 16 de octubre, confirmaron la presencia de emplazamientos coheteriles nucleares en San Cristóbal, otrora provincia de Pinar del Río y, una semana después, el 22, el presidente Kennedy decretó el bloqueo naval a Cuba, como paso inicial de una serie de medidas que preveía, desde un golpe sorpresivo con 500 aviones al amanecer del 23 contra los emplazamientos y otros objetivos militares en la Isla, hasta la invasión. En el transcurso de la semana, el secretario de Defensa, Robert Mc Namara, informó que había 250 000 hombres, 2 000 vuelos contra diversos objetivos de Cuba, 90 000 marines y tropas aerotransportadas, listos para actuar, pero que cabría esperar 25 000 bajas.
Ante la situación creada, a las 17:35 horas del 22 de octubre, el Comandante en Jefe decretó la Alarma de combate para las Fuerzas Armadas Revolucionarias. Fueron movilizadas 54 divisiones de infantería, una brigada de tanques y tres de artillería, 17 batallones independientes, seis grupos de artillería reactiva y tres grupos independientes de morteros de 120 milímetros, 20 unidades navales de la Marina de Guerra Revolucionaria, 118 baterías de artillería antiaérea y 47 aviones de combate. La cifra de hombres puestos sobre las armas en las primeras horas alcanzó más de 269 000 efectivos permanentes y de las reservas, además de otros. Al día siguiente, en la OEA, Estados Unidos obtuvo unánime apoyo de los estados latinoamericanos, para el bloqueo militar decretado contra Cuba.
Este quedó establecido formalmente el día 24. Mientras tanto, la aviación de exploración táctica norteamericana incrementó el número y desfachatez de sus vuelos de exploración, al punto de que, el 26, el Comandante en Jefe ordenó que a partir del día siguiente se abriera fuego contra los aviones enemigos en vuelo a baja altura. El 27 fue derribado un U-2 sobre territorio nacional, lo que marcó uno de los momentos más críticos de la crisis. A petición de Nikita S. Jruschov, la orden de abrir fuego fue revocada para evitar que interfiriera en las negociaciones que desarrollaba la URSS con Estados Unidos.
El domingo 28 las dos potencias, a espaldas del Gobierno cubano, acordaron la retirada de los cohetes de Cuba a partir de una garantía hipotética de que Estados Unidos no invadiría la Isla. Esta marcó el fin de la crisis para ambas superpotencias. El Gobierno cubano, indignado por el método de la negociación y el contenido del acuerdo y en digna postura, no permitió que se inspeccionara su territorio y fueron enarbolados ante el mundo los honrosos Cinco Puntos. La Revolución no claudicó ante la amenaza nuclear, durante esos acontecimientos la razón y el espíritu intransigente de Baraguá inspiró al pensamiento y acción del pueblo cubano, encabezado por el Comandante en Jefe Fidel Castro.
En su carta de despedida a Fidel, el Che apuntó: «(...) sentí a tu lado el orgullo de pertenecer a nuestro pueblo en los días luminosos y tristes de la Crisis del Caribe. Pocas veces brilló más alto un estadista que en esos días, me enorgullezco también de haberte seguido sin vacilaciones, identificado con tu manera de pensar y de ver y apreciar los peligros y los principios».
